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不列顛哥倫比亞大學(xué)課程輔導(dǎo)|蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能

作者:海馬 發(fā)布時(shí)間:2023-11-23 15:02:22

您是否想過(guò),為什么煎雞蛋時(shí)蛋清的顏色會(huì)從透明變?yōu)椴煌该? 如果想過(guò),本文的內(nèi)容就是為您準(zhǔn)備的!蛋白質(zhì)的形狀對(duì)其功能非常重要。要了解蛋白質(zhì)的最終形狀或形態(tài),我們需要了解蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的四個(gè)層次:一級(jí)結(jié)構(gòu)、二級(jí)結(jié)構(gòu)、三級(jí)結(jié)構(gòu)和四級(jí)結(jié)構(gòu)。接下來(lái)的內(nèi)容可能比較復(fù)雜,請(qǐng)同學(xué)們認(rèn)真閱讀。
不列顛哥倫比亞大學(xué)課程輔導(dǎo)

一、蛋白質(zhì)的變性和折疊

每種蛋白質(zhì)都有獨(dú)特的形狀。當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)所處環(huán)境的溫度或酸堿度發(fā)生變化,或者接觸到化學(xué)物質(zhì)時(shí),這些相互作用就會(huì)被破壞,導(dǎo)致蛋白質(zhì)失去三維結(jié)構(gòu),重新變成無(wú)結(jié)構(gòu)的氨基酸鏈。當(dāng)?shù)鞍踪|(zhì)失去主序和高階結(jié)構(gòu)時(shí),就被稱(chēng)為變性。變性蛋白質(zhì)一般不具有功能。

對(duì)于某些蛋白質(zhì)來(lái)說(shuō),變性是可以逆轉(zhuǎn)的。多肽的一級(jí)結(jié)構(gòu)仍然完好無(wú)損(因?yàn)榘被嵘形捶蛛x),所以當(dāng)它回到正常環(huán)境中時(shí),可以折疊成有功能的形式。 但在其他情況下,變性是永久性的。煎雞蛋就是蛋白質(zhì)不可逆變性的一個(gè)例子。液態(tài)蛋白中的白蛋白在爐子的熱量作用下變性,變成不透明的固體,雞蛋冷卻后也不會(huì)恢復(fù)原狀。

研究人員發(fā)現(xiàn),有些蛋白質(zhì)變性后,即使單獨(dú)放在試管中也能重新折疊。由于這些蛋白質(zhì)可以在非結(jié)構(gòu)化狀態(tài)下折疊,因此它們的氨基酸序列必須包含折疊所需的所有信息。然而,并不是所有蛋白質(zhì)都能使用這一招,蛋白質(zhì)在細(xì)胞中的正常折疊方式似乎更為復(fù)雜:許多蛋白質(zhì)并不是自己折疊,而是在伴侶蛋白(伴侶蛋白)的幫助下折疊。

二、蛋白質(zhì)的四級(jí)結(jié)構(gòu)

1.一級(jí)結(jié)構(gòu)

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中最簡(jiǎn)單的一級(jí)結(jié)構(gòu)是多肽鏈中氨基酸的排列順序。例如,激素胰島素由兩條多肽鏈 A 和 B 組成,每條肽鏈都有一組獨(dú)特的氨基酸,這些氨基酸以特定的順序排列在一起。例如,A 鏈的序列從 N 端的甘氨酸開(kāi)始,到 C 端的天冬酰胺結(jié)束,這與 B 鏈的序列不同。蛋白質(zhì)的序列由編碼該蛋白質(zhì)(或多組分蛋白質(zhì)中的部分蛋白質(zhì))的基因的 DNA 序列決定。 基因 DNA 序列的改變會(huì)導(dǎo)致蛋白質(zhì)氨基酸序列的改變。蛋白質(zhì)序列中單個(gè)氨基酸的變化會(huì)影響其整體結(jié)構(gòu)和功能。

單個(gè)氨基酸的變化與鐮狀細(xì)胞性貧血(一種影響紅細(xì)胞的遺傳性疾病)有關(guān)。在鐮狀細(xì)胞貧血癥中,組成血紅蛋白(血液中攜帶氧氣的蛋白質(zhì))的多肽鏈之一的序列發(fā)生了輕微變化。谷氨酸通常是血紅蛋白 beta 鏈(組成血紅蛋白的兩種蛋白質(zhì)鏈之一)的第六個(gè)氨基酸,但被纈氨酸取代。下圖中顯示了 β 鏈片段的這種取代。
β 鏈片段的取代

血紅蛋白分子的最大特點(diǎn)是由兩條α鏈和兩條β鏈組成,每條α鏈由大約 150 個(gè)氨基酸組成,因此整個(gè)蛋白質(zhì)中共有大約 600 個(gè)氨基酸。正常血紅蛋白分子與鐮狀細(xì)胞血紅蛋白分子之間的差別僅在于約 600 個(gè)氨基酸中的 2 個(gè)。

身體只產(chǎn)生鐮狀細(xì)胞血紅蛋白的人會(huì)出現(xiàn)鐮狀細(xì)胞貧血的癥狀。出現(xiàn)這些癥狀是因?yàn)榘被峁劝滨0纷兂闪税被崂i氨酸,導(dǎo)致血紅蛋白分子積聚成長(zhǎng)長(zhǎng)的纖維。這些纖維使紅細(xì)胞從盤(pán)狀變形為月牙狀。

鐮狀細(xì)胞在試圖通過(guò)血管時(shí)會(huì)被卡住。被卡住的細(xì)胞會(huì)阻礙血液流動(dòng),導(dǎo)致鐮狀細(xì)胞性貧血患者出現(xiàn)氣短、頭暈、頭痛和腹痛等嚴(yán)重健康問(wèn)題。

2.二級(jí)結(jié)構(gòu)

蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的下一個(gè)層次是二級(jí)結(jié)構(gòu),指的是多肽中由于主鏈原子之間的相互作用而形成的局部折疊結(jié)構(gòu)(主鏈僅指 R 基團(tuán)以外的多肽鏈--我們的意思是二級(jí)結(jié)構(gòu)不包括 R 基團(tuán)原子)。這兩種結(jié)構(gòu)都是通過(guò)一種氨基酸的羰基 O 和另一種氨基酸的氨基 H 之間形成的氫鍵來(lái)保持形狀的。在 α 螺旋中,氨基酸的羰基(C=O)與氨基酸鏈下四個(gè)位置的氨基酸的氨基 H(N-H)形成氫鍵(例如,氨基酸 1 的羰基與氨基酸 5 的 N-H 形成氫鍵)。(例如,氨基酸 1 的羰基與氨基酸 5 的 N-H 形成氫鍵)。這種鍵合方式使多肽鏈形成類(lèi)似盤(pán)帶的螺旋結(jié)構(gòu),螺旋的每一圈含有 3.6 個(gè)氨基酸。氨基酸的 R-基團(tuán)可以遠(yuǎn)離 α-螺旋,自由地相互作用。

在 β 折疊片中,多肽鏈的兩個(gè)或多個(gè)片段并排排列,形成由氫鍵固定在一起的片狀結(jié)構(gòu)。氫鍵是在骨架的羰基和氨基之間形成的,R 基團(tuán)延伸到薄片平面的上方和下方。 折疊的 β-片狀結(jié)構(gòu)的鏈可以是平行的,朝向相同的方向(即 N 端和 C 端相匹配),也可以是反平行的,朝向相反的方向(即一條鏈的 N 端緊靠另一條鏈的 C 端)。

某些氨基酸或多或少會(huì)出現(xiàn)在 α 螺旋或 β 折疊片中。例如,氨基酸脯氨酸有時(shí)被稱(chēng)為 "螺旋破壞者",因?yàn)樗粚こ5?R 基(與氨基結(jié)合形成環(huán)狀)會(huì)使鏈產(chǎn)生彎曲,與螺旋的形成不相容。

\脯氨酸通常存在于彎曲部位,即二級(jí)結(jié)構(gòu)之間的非結(jié)構(gòu)區(qū)域。同樣,色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸等氨基酸的 R 基具有大的環(huán)狀結(jié)構(gòu),它們通常存在于折疊的 β 片狀結(jié)構(gòu)中,這可能是因?yàn)檎郫B的 β 結(jié)構(gòu)為側(cè)鏈提供了充足的空間。

許多蛋白質(zhì)同時(shí)含有α-螺旋和折疊β-片層,但也有一些蛋白質(zhì)只含有一種二級(jí)結(jié)構(gòu)或兩種結(jié)構(gòu)都沒(méi)有。

3.三級(jí)結(jié)構(gòu)

多肽的整體三維結(jié)構(gòu)稱(chēng)為三級(jí)結(jié)構(gòu)。 三級(jí)結(jié)構(gòu)主要來(lái)自組成蛋白質(zhì)的氨基酸的 R 基團(tuán)之間的相互作用。

構(gòu)成三級(jí)結(jié)構(gòu)的 R 基團(tuán)之間的相互作用包括氫鍵、離子鍵、偶極子-偶極子相互作用、倫敦分散力以及各種非共價(jià)鍵。例如,電荷相同的 R 基團(tuán)會(huì)相互排斥,而電荷相反的 R 基團(tuán)可以形成離子鍵。同樣,極性 R 基團(tuán)可以形成氫鍵和其他偶極-偶極相互作用。疏水相互作用在三級(jí)結(jié)構(gòu)中也很重要,在三級(jí)結(jié)構(gòu)中,帶有非極性疏水 R 基團(tuán)的氨基酸在蛋白質(zhì)內(nèi)部形成簇,而親水氨基酸則留在外部,與周?chē)乃肿酉嗷プ饔谩?/p>

最后,一種特殊類(lèi)型的共價(jià)鍵也能促進(jìn)三級(jí)結(jié)構(gòu)的形成:二硫鍵。二硫鍵是半胱氨酸硫側(cè)鏈之間的共價(jià)鍵,比其他類(lèi)型的三級(jí)結(jié)構(gòu)鍵更強(qiáng)。二硫鍵就像分子中的 "安全別針",將多肽的各個(gè)部分固定在一起。

4.四級(jí)結(jié)構(gòu)

大多數(shù)蛋白質(zhì)由單條多肽鏈組成,只有類(lèi)似剛才描述的三級(jí)結(jié)構(gòu)。不過(guò),有些蛋白質(zhì)由多條多肽鏈(也稱(chēng)為亞基)組成。當(dāng)這些亞基連接在一起時(shí),就形成了蛋白質(zhì)的四級(jí)結(jié)構(gòu)。

我們已經(jīng)找到了四層結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)的一個(gè)例子,即血紅蛋白。如前所述,血紅蛋白在血液中運(yùn)輸氧氣,由四個(gè)亞基組成,α 和 β 型各兩個(gè)。另一個(gè)例子是 DNA 聚合酶,它是一種合成新 DNA 鏈的酶,由 10 個(gè)亞基組成。

一般來(lái)說(shuō),與三級(jí)結(jié)構(gòu)相同的相互作用類(lèi)型(主要是氫鍵和弱相互作用,如倫敦分散力)將亞基結(jié)合在一起并形成四級(jí)結(jié)構(gòu)。

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